Ich analysiere virtuelle Gen-Knockout-Ergebnisse mit scTenifoldKnk

Ich analysiere existierende outputs von scTenifoldKnk und ordne virtuelle Gen-Knockout-Ergebnisse um dein Zielgen und Zelltyp herum.

Das Basic-Paket deckt ein Ziel und einen Zelltyp ab und nutzt deine bestehenden Antworten- oder Netzwerkdateien. Ich prüfe Bezeichner, fasse Differentialregulations-Ergebnisse zusammen und erstelle klare Diagramme sowie bearbeitbare Tabellen. Vergleiche über die gelieferten Seeds hinweg können vor der Bestellung vereinbart einbezogen werden.

Du erhältst Ergebnis-Tabellen, Abbildungen, das Analyse-Skript und eine README, in der Eingaben und Einstellungen festgehalten sind. Eine Revision ist für die vereinbarte Analyse enthalten.

Bitte schicke dein Zielgen, Zelltyplabels, vorhandene Output-Dateien und die Frage, die beantwortet werden soll. Für Enrichment gib die getesteten Gene und die Hintergrundgenliste an.

Falls du nur eine GEO-Zugriffsnummer oder ein Seurat-Objekt hast, schreibe mir zuerst: Netzwerkaufbau und Verarbeitung der Rohdaten benötigen einen separaten Umfang. Ich nutze KI-unterstütztes Coding, wo es sinnvoll ist, und prüfe Code und Outputs. Schriftliche Kommunikation ist willkommen.