Ich erstelle ein professionelles Protein-Ligand-Molekulardynamik-Notebook

Suchst du nach einem wissenschaftlich rigorosen Molekulardynamik-Notebook (MD), um deine Forschung zu beschleunigen? Ich stelle einsatzbereite Protein-Ligand-MD-Notebooks bereit, die mit branchenüblichen Methoden erstellt wurden und den gesamten Ablauf vom Rohdaten bis zur publikationsfertigen Analyse abdecken.

Was enthalten ist:

• Lösungsmittelexperiment: Explizites TIP3P-Wasser mit 0,15 M NaCl.
• Äquilibrierung: Energie-Minimierung, NVT- und NPT-Protokolle für einen stabilen Start.
• Produktions-Trajektorie: DCD-Format, kompatibel mit VMD, OVITO und PyMOL.
• Umfassende Analyse: Eine sechsteilige Abbildung (RMSD, RMSF, Rg usw.) und vollständige Energielogs.
• Reproduzierbarkeit: Alle Parameter werden in einer Konfigurationsdatei mit den endgültigen PDB-Strukturen gespeichert.

Wissenschaftliche Standards:

• Kraftfelder: AMBER ff14SB (Protein) & OpenFF Sage (Ligand).
• Ladungen: AM1-BCC Quantenmechanik-Methode.
• Dynamik: Particle Mesh Ewald (PME) und Langevin-Mittel-Integrator (2 fs Zeitschritt).

Jedes Notebook ist zitierfähig und enthält vollständige Literaturverweise. Kontaktiere mich mit deiner Protein-PDB-ID und Ligand-SMILES/SDF vor der Bestellung, um Kompatibilität und Lieferzeiten zu bestätigen. Optimiere deinen Workflow mit einem professionellen Tool, das für peer-reviewed Exzellenz entwickelt wurde.