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Ich werde bakterielle WGS und vergleichende Genomanalyse durchführen
Mitbegründer der Freelance Bubble
Als Mitgründer von The Freelance Bubble arbeite ich mit einem multidisziplinären Team von über 23 Doktoranden zusammen, um hochwertige Forschung und technischen Support zu liefern. Ich bin Biotechnolo...
Level 2
Hat hohe Leistungskriterien erfüllt und verfügt über eine nachgewiesene Erfolgsbilanz bei der Erfüllung von Kundenerwartungen.
Über diesen Service
Bei The Freelance Bubble bieten wir professionelle bakterielle Whole-Genome Sequencing (WGS) und vergleichende Genomanalyse für Forscher, Labore und akademische Teams, die mit mikrobiellen Genomen arbeiten.
Unsere Dienstleistungen können umfassen:
- Rohdaten-Qualitätskontrolle und Trimmen
- De-novo-Genomassemblierung
- Qualitätsbewertung der Assemblierung
- Genomannotation
- Speziesbestätigung und MLST
- Profiling von Antibiotikaresistenzgenen
- Screening auf Virulenzfaktoren
- Plasmidnachweis
- ANI- und Genomähnlichkeitsanalyse
- SNP-basierte Vergleichsanalyse
- Kern-Genom- und phylogenetische Analyse
- Pan-Genom-Analyse
- Profiling von Kern-, Accessory- und einzigartigen Genen
- Vergleichende Genomanalyse über mehrere Isolate
- Abbildungen und Tabellen für Publikationen
Wir verwenden etablierte Bioinformatik-Tools wie FastQC, fastp, SPAdes, QUAST, Bakta/Prokka, MLST, AMRFinderPlus, Abricate, FastANI, Snippy, IQ-TREE, Panaroo/Roary und entsprechende Workflows, wo immer es passend ist.
Lieferungen können annotierte Genome, phylogenetische Bäume, Vergleichsdiagramme, Zusammenfassungen zu AMR/Virulenz, Skripte und Interpretationen umfassen.
Bitte kontaktiere uns vor der Bestellung bei großen Isolat-Sammlungen, Rohdaten, Pan-Genom-Projekten oder individuellen Vergleichsworkflows.
Mein Portfolio
FAQ
Automatische Übersetzung
Welche Art von bakteriellen Sequenzdaten kannst du analysieren?
Ich kann mit Rohdaten im FASTQ-Format, zusammengebauten Genomen, annotierten Genomen oder öffentlich verfügbaren bakteriellen Genom-Datensätzen arbeiten.
Kannst du rohe FASTQ-Dateien analysieren?
Ja. Die Verarbeitung roher Reads kann Qualitätskontrolle, Trimmen, de-novo-Assemblierung, Assemblierungsbewertung und nachgelagerte genomische Analysen umfassen.
Welche Analysen sind in der bakteriellen WGS enthalten?
Je nach Paket können Analysen die Assemblierung, Annotation, MLST, AMR-Gene, Virulenzfaktoren, Plasmide, ANI, SNP-Analyse, Phylogenie und vergleichende Genomanalyse umfassen.
Kannst du Pan-Genom-Analysen durchführen?
Ja. Pan-Genom-Analysen können Kern-, Accessory- und einzigartige Genprofilierung, Clusterbildung, vergleichende Visualisierung und Interpretation umfassen.
Kannst du Antibiotikaresistenzgene identifizieren?
Ja. Das Profiling von AMR kann mit etablierten Datenbanken und Tools wie AMRFinderPlus, CARD-kompatiblen Workflows oder ähnlichen Ressourcen durchgeführt werden, wo immer es passend ist.
Kannst du phylogenetische Analysen durchführen?
Ja. Ich kann SNP-basierte oder Kern-Genom-Phylogenie durchführen und phylogenetische Bäume für die Veröffentlichung bereitstellen.
Kannst du mehrere bakterielle Isolate oder Stämme vergleichen?
Ja. Vergleichende Genomanalyse kann ANI, Geninhalt-Vergleich, SNP-Analyse, Pan-Genom, AMR/Virulenz-Vergleich und phylogenetische Beziehungen umfassen.
Werde ich abbildbare Figuren und Tabellen für die Veröffentlichung erhalten?
Ja. Abhängig vom gewählten Paket können die Lieferungen phylogenetische Bäume, Vergleichsdiagramme, Heatmaps, genomische Zusammenfassungen und Manuskript-fertige Tabellen umfassen.
Wirst du Skripte und Analyse-Dateien bereitstellen?
Ja. Reproduzierbare Skripte, Zwischenoutputs und relevante Analyse-Dateien können bei Bedarf bereitgestellt werden.
Soll ich Sie vor der Bestellung kontaktieren?
Ja. Bitte kontaktiere uns zuerst bei großen Isolat-Sammlungen, Rohdaten, Pan-Genom-Projekten, ungewöhnlichen Bakterienarten oder individuellen Pipelines, damit wir Umfang und Bearbeitungszeit bestätigen können.
