Ich analysiere deine 16s-Mikrobiom-Daten mit qiime2 Bioinformatik

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Hallo, mein Name ist Steven Criollo. Ich bin Bioingenieur mit einem Master-Abschluss in Bioinformatik und Biostatistik. Ich unterrichte Bioinformatik und arbeite außerdem als Bioinformatiker bei einem...
Über diesen Service

Arten der Analyse:


GRUNDLAGENANALYSE:

  • Datenqualitätskontrolle.
  • Rauschunterdrückung und Clustering (ASV).
  • Taxonomische Klassifikation.
  • Relative Häufigkeit.
  • Phylogenetischer Baum.


STANDARDANALYSE:

Grundlegende Analyse +

  • Rarefaktionskurven.
  • Alpha-Diversitätsanalyse: Shannon-Index, beobachtete Merkmale, Faiths phylogenetische Diversität, Pielous Gleichmäßigkeit.
  • Beta-Diversitätsanalyse: Jaccard-Distanz, Bray-Curtis-Distanz, ungewichteter UniFrac, gewichteter UniFrac.
  • Ordnungsverfahren: Hauptkoordinatenanalyse (PCoA), Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP).
  • Differenzielle Häufigkeitstest mit ANCOM-BC.
  • Statistische Signifikanztests: Kruskal-Wallis, PERMANOVA (ADONIS), ANOSIM, PERMDISP.


PREMIUMANALYSE:

Standardanalyse +

  • Enzymatische Reaktionen (EC).
  • Gene (KO / KEGG Orthology).
  • Stoffwechselwege (MetaCyc).
  • Vergleichende Analyse.


Hinweise:

*Die Standard- und Premium-Pakete erfordern Informationen zur experimentellen Gruppe und mindestens 3 biologische Replikate pro Gruppe, um Diversitäts- und Statistik-Analysen durchzuführen.

*Der angegebene Preis gilt pro Probe. Für Projekte mit mehreren Proben sind Rabatte erhältlich.

Programmiersprache:

Python

•

R

Technologie:

Jupyter-Notizbuch

Analyse-Typ:

Quantitative Analyse

•

Qualitative Analyse

Expertise:

Wahrscheinlichkeit

•

Statistiken

•

Cluster-Analyse

Tools:

RStudio

•

Google Colab

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