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Ich werde GPU-beschleunigte Molekulardynamik-Simulationen für dich durchführen
Dein Experte für Computational Biology für all deine Forschungsbedürfnisse
Hallo und willkommen!
Ich bin Absolvent der Biotechnologie mit Fachkenntnissen in Computational Biology. Meine Erfahrung umfasst molekulares Docking, MD-Simulationen, Transkriptomik, Biomarker-Entdec...
Über diesen Service
Willkommen bei meinem Molekulardynamik-Simulations-Gig!
Ich führe GPU-beschleunigte MD-Simulationen für Forscher, Studierende und Biotech-Teams durch, die zuverlässige Simulationsdaten benötigen, ohne Zugang zu Hochleistungsrechnerinfrastruktur.
Was ich anbiete:
- Komplette Simulationspipeline: Vom rohen PDB- oder SMILES-Input über Systemvorbereitung, Solvation, Ionisierung, Energie-Minimierung, NVT/NPT-Äquilibrierung bis hin zu Produktions-MD-Läufen.
- Software & Forcefields: GROMACS und AMBER, mit CHARMM36m, AMBER ff19SB, GROMOS und OPLS-AA. Proteine, Nukleinsäuren, RNA/Protein, Membranen und Liganden-Systeme werden alle abgedeckt.
- Nachbearbeitung der Simulation: RMSD, RMSF, Rg, H-Brücken, PCA, MM/PBSA, MM/GBSA und mehr, je nach Paket.
- Publikationsfertige Abbildungen: Hochauflösende Diagramme und molekulare Visualisierungen mit PyMOL, VMD und R/ggplot2.
- Individuelle Add-ons: Grobstrukturbasierte (CG) Simulationen und QM/MM-Analysen (ORCA-GROMACS) auf Anfrage.
Schreib mir vor der Bestellung, wenn du ein großes System oder spezielle Simulationsanforderungen hast. Ich freue mich auf die Zusammenarbeit. Lass uns gemeinsam deine Forschung voranbringen!
FAQ
Automatische Übersetzung
Welche Eingabedateien muss ich bereitstellen?
Eine Proteinstrukturdatei (PDB oder mmCIF) und, falls zutreffend, dein Ligand im SDF-, MOL2- oder SMILES-Format. Wenn du nur eine UniProt-ID oder PDB-Code hast, kann ich die Struktur selbst abrufen und vorbereiten.
Welche Software und Forcefields verwendest du?
GROMACS und AMBER. Forcefields: CHARMM36m, AMBER ff19SB, GROMOS96 und OPLS-AA. Wassermodelle: TIP3P und SPC/E. Bei speziellen Anforderungen sprich mich vor der Bestellung an.
Welche Systemtypen kannst du simulieren?
Protein-Ligand, Protein-Protein, RNA/DNA-Protein-Komplexe, Membranproteine und eigenständige Nukleinsäure-Systeme. Für ungewöhnliche Systeme schreib mir vorher, um die Machbarkeit zu klären.
Wie lange dauert meine Simulation?
Das hängt von der Systemgröße und der Simulationsdauer ab. Ein 100ns-Lauf dauert typischerweise 2-3 Tage, 300ns etwa 4-5 Tage, und 500ns+ etwa 7 Tage.
Welche Recheninfrastruktur nutzt du für die Simulationen?
Ich führe Simulationen auf Hochleistungs-GPU-Servern durch, inklusive RTX 4090 und RTX 5090 Knoten. Auf einem 5090 läuft ein System mit über 100k Atomen bei etwa 250-300ns/Tag, was schnelle Ergebnisse garantiert, ohne die Qualität der Simulation zu beeinträchtigen.
Kannst du Grobstrukturbasierte oder QM/MM-Simulationen durchführen?
Ja, beides ist als individuelle Add-ons verfügbar. CG-Simulationen verwenden das MARTINI-Forcefield. QM/MM läuft über ORCA in Kombination mit GROMACS. Schreib mir, um Umfang und Preis vor der Bestellung zu besprechen.
Sind meine Daten vertraulich?
Ja. Ich teile keine Strukturen, Sequenzen oder Ergebnisse meiner Kunden mit Dritten und bin gerne bereit, eine NDA zu unterschreiben, falls erforderlich.
