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Ich werde MD-Simulationen, Molekulardocking und Datenanalyse durchführen
Postdoktoraler Forschungsstipendiat
Hallo, ich bin Mueed, Computational Biologist/Bioinformatician mit über 4 Jahren Postdoc-Erfahrung in Computer-Aided Drug Design (CADD), KI-gestütztem Virtual Screening, Docking und Simulation. Ich ha...
Über diesen Service
Ich kann dir bei folgendem helfen:
Molekulardocking und Protein-Ligand-Interaktionsanalyse
Nach-Simulation-Analyse inklusive RMSD, RMSF, PCA und Interaktionsanalyse
Markov-Modelle, Korrelationsnetzwerke und graphbasierte Analysen
Computational Drug Discovery und de novo Moleküldesign
Wissenschaftliche Datenanalyse mit Python, R und MATLAB
Interpretation und Visualisierung der rechnerischen Ergebnisse
Überprüfung und Optimierung von Workflows in der Molekularmodellierung
Ich liefere sorgfältige, reproduzierbare Analysen mit klarer wissenschaftlicher Interpretation und präsentationsfertigen Ergebnissen.
Domäne:
Maschinelles Lernen
Expertise:
Feature-Lernen
•
Prädiktive Analyse
Programmiersprache:
Python
•
R
•
MATLAB
Tools:
tensorflow
•
Excel
Technologie:
Python
•
PyTorch
•
scikit-learn
•
MATLAB
•
Pandas
•
RStudio
Mein Portfolio
FAQ
Automatische Übersetzung
Welche Informationen benötigen Sie vor Projektbeginn?
Bitte gib eine kurze Beschreibung deines Projekts, die Art der benötigten Analyse, verfügbare Eingabedateien/-daten, Softwarepräferenzen falls vorhanden und deine erwarteten Ergebnisse an. Für Docking- oder MD-Projekte stelle bitte auch Protein-/Ligand-Strukturen und vorhandene Simulations- oder Docking-Dateien bereit.
Kannst du bestehende MD-Trajektorien oder Docking-Ergebnisse analysieren?
Ja. Ich kann bereitgestellte Trajektorien, Docking-Posen, Interaktionsprofile und verwandte Daten analysieren, inklusive RMSD, RMSF, PCA, Protein-Ligand-Interaktionen, Konformationsanalyse und wissenschaftliche Visualisierung.
Führst du Molekulardynamik-Simulationen von Grund auf durch?
Ja, aber abhängig von den verfügbaren Rechenressourcen. Kontaktiere mich bitte vor der Bestellung einer vollständigen MD-Simulation, damit ich Umfang, Zeitplan und Kosten bestätigen kann.
Mit welcher Molekulardesign-Software arbeitest du?
Ich habe Erfahrung mit AMBER und GROMACS für Molekulardynamik-Simulationen sowie mit Molekulardocking, PyMOL, RDKit, Python, R, MATLAB, Shell (Scripting) und verwandten Tools in der Computational Biology.
Kannst du mit mehreren Liganden oder Protein-Ligand-Komplexen arbeiten?
Ja, aber der Arbeitsaufwand hängt von der Anzahl der Systeme und der Art der Analyse ab. Kontaktiere mich zuerst bei Projekten mit mehreren Liganden, groß angelegtem Docking oder mehreren MD-Trajektorien.
Wirst du Figuren und Interpretationen der Ergebnisse liefern?
Ja. Je nach gewähltem Paket kann ich klare wissenschaftliche Interpretationen, Figuren für Publikationen oder Präsentationen sowie eine kurze Zusammenfassung der wichtigsten Ergebnisse liefern.
Kannst du bei der Überprüfung oder Fehlerbehebung meines computational workflows helfen?
Ja. Ich kann Workflows in Molekulardocking, MD-Simulation oder Computational Biology überprüfen, methodische Probleme identifizieren, geeignete Tools und Parameter empfehlen und die Reproduzierbarkeit verbessern.
Bleiben meine Daten und unveröffentlichte Ergebnisse vertraulich?
Ja. Kundendaten, unveröffentlichte Ergebnisse, Strukturen und Projektinformationen werden vertraulich behandelt und nur zur Erfüllung des vereinbarten Auftrags verwendet.
