Ich erledige Bioinformatik-Routinearbeiten

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Unordentliche Daten in klare, verständliche Informationen verwandeln

Bioinformatik- und Computational Biology-Profi mit praktischer Erfahrung in Python bei Datenbereinigung, Skripterstellung und Automatisierung. Ich spezialisiere mich darauf, unübersichtliche Datensätz...
Über diesen Service

Bioinformatik-Arbeit umfasst viele mühsame Schritte, die in der Methodenbeschreibung eines Papers nicht auftauchen, aber Stunden deiner Zeit fressen:

- Qualitätskontrolle bei Rohdaten und Interpretation des Berichts

- Unübersichtliche Dateibenennung bei Dutzenden oder Hunderten von Proben entwirren

- Einen Pipeline-Schritt beheben, der immer wieder fehlschlägt (Snakemake, Nextflow oder ein eigenes Skript) wegen Formatproblemen oder Umweltproblemen

- Metadaten für GEO/SRA-Einreichung formatieren

- Eine Liste von Genen oder Varianten mit Datenbanken abgleichen und eine saubere, annotierte Zusammenfassung erstellen

Das ist die Arbeit, die leicht zu beschreiben ist, aber mühsam und fehleranfällig in der Ausführung, vor allem bei echten, unordentlichen Dateien in voller Größe. Ich habe praktische Erfahrung im Umgang mit diesen Tools und bei der Fehlerbehebung bei den unvermeidlichen Randfällen.

Sag mir, was nicht funktioniert oder was gemacht werden muss, und schick mir ein Beispiel deiner Daten. Ich sage dir genau, was ich liefern kann und wie schnell.

Technologie:

Python

RStudio

PowerShell

Expertise:

Datenextraktion

Datenmanipulation