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Ich werde Mikrobiom- und Metagenomdatenanalyse durchführen
Mikrobiom-Analyse, Förderanträge schreiben, Manuskripte bearbeiten, Immunologie, Onkologie
Ich bin Doktorand im Bereich Krebsimmunologie und Mikrobiomforschung an der Laval University in Kanada. In den letzten 5 Jahren hatte ich das Glück, in Fachzeitschriften wie Nature Communications zu v...
Über diesen Service
Du hast Sequenzierungsdaten, bist dir aber unsicher, wie du sie richtig analysierst?
Ich bin Doktorand in Krebsimmunologie und Mikrobiomforschung an der Laval University in Kanada. Ich habe 16S rRNA- und Shotgun-Metagenomdaten aus klinischen Kohorten mit über 600 Proben analysiert, veröffentlicht in Nature Communications und auf mehr als 40 internationalen Konferenzen vorgestellt. Ich weiß, was Gutachter erwarten und was Figuren publikationsreif macht.
Was ich analysieren kann:
- 16S rRNA Amplicon-Sequenzierung (DADA2, Phyloseq)
- Shotgun-Metagenomik (MetaPhlAn, Kraken/Bracken)
- Alpha- & Beta-Diversitätsanalyse
- Unterschiedliche Häufigkeiten (LefSe, ANCOM-BC2, MaAsLin2)
- Funktionale Wege (HUMAnN)
- Metagenom-Assembly & funktionale Annotation
- Bulk-RNA-seq (Wirt-Mikrobiom-Interaktionen)
Tools: R, Python, DADA2, Phyloseq, MetaPhlAn, HUMAnN, HPC-Cluster
Du erhältst: Saubere, vollständig reproduzierbare Analyse, Figuren für die Publikation (Zeitschriftenqualität), Klare schriftliche Interpretation deiner Ergebnisse, Alle verwendeten R- und Python-Skripte
Mit wem ich arbeite: Doktoranden, akademische Forscher, Biotech-Startups und klinische Forschungsteams in Nordamerika, Europa und Asien.
Unsicher, ob deine Daten passen? Schreib mir zuerst, ich sage dir ehrlich, was möglich ist.
Mein Portfolio
FAQ
Automatische Übersetzung
Welche Dateien muss ich bereitstellen?
Rohdaten im FASTQ-Format von deinem Sequenzierer, zusammen mit einer Metadaten-Datei (Probeninformationen, Gruppen, Bedingungen). Wenn du unsicher bist, was du teilen sollst, schreib mir zuerst und ich helfe dir weiter.
Meine Daten stammen von menschlichen klinischen Proben, ist das okay?
Ja, ich arbeite regelmäßig mit Daten aus menschlichen klinischen Kohorten. Stelle nur sicher, dass deine Daten anonymisiert sind und du die entsprechende Ethikgenehmigung hast.
Muss ich Bioinformatik kennen, um mit dir zu arbeiten?
Überhaupt nicht. Ich kümmere mich um die gesamte Analyse und erkläre die Ergebnisse in verständlicher Sprache. Du brauchst nur dein biologisches Verständnis, ich schreibe den Code.
In welchem Format werden die Figuren geliefert?
Hochauflösende PDF-, SVG- und PNG-Dateien, bereit für die Zeitschrifteneinreichung. Ich kann Farben oder Layouts auch an die Anforderungen der Zeitschrift anpassen.
Kannst du mir bei der Interpretation der Ergebnisse für mein Manuskript helfen?
Ja. Alle Pakete beinhalten eine schriftliche biologische Interpretation. Bei den Standard- und Premium-Paketen liefere ich detaillierten, diskussionsfertigen Text.
