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Ich werde jede GROMACS Molekulardynamik-Simulation und Trajektorienanalyse durchführen
Begib dich auf eine Reise voller Kreativität und Präzision mit Experten
Ich bin Jalal Khan Utman, MS-Biotechnologie-Forscher (PAF-IAST), der sowohl an der computergestützten Arzneimittelentdeckung (AutoDock Vina, GROMACS mit CHARMM36m, PyMOL, Linux/SLURM HPC) als auch an ...
Über diesen Service
Benötigst du publikationsreife Molekulardynamik (MD)-Simulationen in GROMACS? Ich richte biomolekulare Systeme ein, führe sie aus und analysiere sie mit GPU-beschleunigten HPC-Clustern.
BEHANDELTE SYSTEME:
- Protein-Ligand-Komplexe (kleine Moleküle, Naturstoffe)
- Apo-Proteine & Wildtyp vs. Mutant Vergleichsstabilität
- Protein-Protein- und Peptid-Rezeptor-Komplexe
- Membranproteine (Lipid-Doppelschicht-Insertion & Solvation)
- Nanopartikel-Biomolekül-Interaktionen
WORKFLOW & KRAFTFELDER:
- Parameterisierung mit CHARMM36m/CGenFF, AMBER/GAFF2 und OPLS-AA
- GPU-beschleunigte Produktionsläufe, verwaltet über Linux/SLURM-Umgebungen
- Solvation, Neutralisation, Minimierung, NVT/NPT-Äquilibrierung
TRAJEKTORANALYSE & LIEFERUMFANG:
- Strukturelle Metriken: RMSD, RMSF, Radius of Gyration (Rg) und SASA
- Interaktionsdynamik: Wasserstoffbrücken, Kontaktkarten und PCA
- Lieferungen: Koordinaten (.gro/.pdb), saubere Trajektorie (.xtc), Rohdateien .xvg, Publikationsdiagramme (300 DPI) und Methodenbeschreibung.
Bitte sende mir vor der Bestellung deine PDB-ID, Systemdetails und Simulationsdauer!
Technologie:
Andere
Expertise:
Versuchsplanung
•
Algorithmen
•
Monte-Carlo-Simulation
Programmiersprache:
Python
•
Andere
Mein Portfolio
FAQ
Automatische Übersetzung
Kannst du Systeme außer Protein-Ligand simulieren?
Ja. Ich behandle Apo-Proteine, Punktmutationen, Protein-Peptid-Komplexe, Lipidmembraninsertionen und Nanopartikel-Protein-Interfaces.
Welche Hardware nutzt du für Produktionsläufe?
Simulationen werden auf Hochleistungs-GPU-Knoten mit SLURM-Jobplanung und containerisierten Umgebungen für schnelle Ergebnisse ausgeführt.
Stellst du die Trajektorien-Dateien bereit?
Ja, du erhältst alle Topologien, Parameter (.mdp), Koordinaten und verarbeitete Trajektorien-Dateien sowie hochauflösende Bilder.
