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Ich werde NGS-Daten analysieren und reproduzierbare bioinformatische Pipelines erstellen
Ich lasse die Daten Ideen offenlegen
Ich bin ein erfahrener Machine Learning Engineer mit Fachkenntnissen in der Bioinformatik. Ich bin spezialisiert auf die Entwicklung und Bereitstellung von Modellen auf der Grundlage genomischer Daten...
Über diesen Service
Benötigst du eine zuverlässige Analyse deiner NGS-Sequenzierungsdaten oder einen reproduzierbaren bioinformatischen Workflow?
Ich biete umfassende bioinformatische und NGS-Datenanalyse an, vom Rohdaten-Sequencing bis zu klaren, interpretierbaren Ergebnissen. Außerdem kann ich wiederverwendbare und containerisierte Pipelines für Forschungslabore, Wissenschaftler und Biotech-Projekte entwickeln.
NGS-Analyse umfasst:
- Bulk RNA-seq und differentielle Genexpression
- WGS, WES und gezielte DNA-Sequenzierung
- Varianten-Calling, Filterung und Annotation
- 16S rRNA und Mikrobiomanalyse
- FASTQ-, BAM- und VCF-Verarbeitung
- Qualitätskontrolle mit FastQC und MultiQC
- Statistische Analyse und Datenvisualisierung
- Funktionelle und Pfadanalyse
Reproduzierbare Pipeline-Entwicklung:
- Nextflow- oder Snakemake-Workflows
- Docker- und Singularity/Apptainer-Unterstützung
- Conda/Bioconda-Umgebungen
- Modulare und anpassbare Pipelines
- HPC- und Cloud-fähiges Workflow-Design
- Tests und Dokumentation
Ich arbeite mit Python, R und Bash sowie gängigen bioinformatischen Tools wie GATK, BWA, STAR, Salmon, DESeq2, Bioconductor und QIIME2.
Du erhältst dokumentierte Ergebnisse, Visualisierungen, Code und eine reproduzierbare Analyse, die auf deine Forschungsfrage zugeschnitten ist.
Bitte kontaktiere mich vor der Bestellung, um deine Daten, Studiendesign und weitere Details zu besprechen.
FAQ
Automatische Übersetzung
Welche Arten von NGS-Daten kannst du analysieren?
Ich kann Bulk RNA-seq, WGS, WES, gezielte DNA-Sequenzierung sowie 16S rRNA/Mikrobiom-Daten analysieren. Je nach Projekt arbeite ich mit FASTQ-, BAM-, VCF-, Zählmatrizen und anderen gängigen bioinformatischen Formaten.
Kannst du Rohdateien im FASTQ-Format von Anfang bis Ende analysieren?
Ja. Ich kann eine End-to-End-NGS-Analyse durchführen, inklusive Qualitätskontrolle, Vorverarbeitung, Ausrichtung oder Quantifizierung, statistischer Analyse, Visualisierung und downstream-Interpretation, abhängig vom Sequenzierungstyp und Forschungsziel.
Bietest du RNA-seq-Differentialexpression-Analysen an?
Ja. Die Bulk RNA-seq-Analyse kann QC, Ausrichtung oder Transkript-Quantifizierung, Zählung, differentiale Expression mit Tools wie DESeq2, PCA, Heatmaps, Volcano-Plots sowie funktionelle oder Pfadanalyse umfassen.
Kannst du WGS- und WES-Daten analysieren?
Ja. WGS-, WES- und gezielte DNA-sequenzierungsprojekte können Qualitätskontrolle der FASTQ-Dateien, Ausrichtung, BAM-Verarbeitung, Varianten-Calling, Filterung und Varianten-Annotation umfassen. Dieser Service ist für Forschungs- und bioinformatische Zwecke gedacht, nicht für medizinische Diagnosen.
Kannst du eine wiederverwendbare bioinformatische Pipeline erstellen?
Ja. Ich kann reproduzierbare NGS-Pipelines mit Nextflow oder Snakemake entwickeln, inklusive konfigurierbarer Eingaben, modularer Workflow-Schritte, Dokumentation und Abhängigkeitsmanagement, sodass die Analyse auf zukünftigen Datensätzen wiederholt werden kann.
Unterstützen deine Pipelines Docker und Singularity/Apptainer?
Ja. Pipelines können mit Docker containerisiert und für Singularity/Apptainer konfiguriert werden, was sie für reproduzierbare Ausführung auf lokalen Systemen, Servern und kompatiblen HPC-Umgebungen geeignet macht.
Welche Ergebnisse werde ich erhalten?
Je nach Projekt können die Ergebnisse QC-Berichte, verarbeitete Daten, statistische Resultate, Tabellen, Abbildungen, annotierte Varianten, differentiale Expressionsergebnisse, Pfadanalyse, Skripte, Dokumentation und Pipeline-Quellcode umfassen.
