Ich werde Molekulardynamik-Simulation durchführen und analysieren

„Benötigst du eine zuverlässige Molekulardynamik-MD-Simulation für dein Protein oder Protein-Ligand-Komplex? Ich biete forschungsreife MD-Simulationen und Analysen mit GROMACS an, um Forschern und Studierenden zu helfen, die strukturelle Stabilität und Bindungsverhalten im Laufe der Zeit zu validieren.“

Was ich anbiete: MD-Simulationen von Proteinen oder Protein-Ligand-Komplexen mit Systemsetup, Energie-Minimierung, Äquilibrierung und Produktionsläufen. Die Nachanalyse umfasst RMSD, RMSF, Gyrationsradius, Wasserstoffbrückenanalyse und optionale MM-PBSA/GBSA-Bindungsfreiheitsenergie-Berechnungen.

Tools: GROMACS, VMD, PyMOL, Xmgrace für Diagramme.

Du erhältst: Einen detaillierten PDF-Bericht mit allen Analyseplots, Rohtrajektorien/-ausgabedateien und einer klaren Zusammenfassung der Ergebnisse zur strukturellen Stabilität.

Warum ich: Praktische Erfahrung im gesamten Rechenprozess von Docking über MD bis hin zur Freien Energieanalyse, sodass ich verstehe, wie deine Simulationsergebnisse in das größere Bild deines Projekts passen.

Bitte bereite vor: Deine Proteinstruktur (PDB-Datei) und, falls zutreffend, Ligandstruktur (PDB/MOL2/SDF). Sag mir, wie lange deine Simulation dauern soll, oder vertraue auf meine Empfehlung.

Sende mir deine Systemdetails für ein individuelles Angebot, lass uns deine Simulation starten