Ich werde Proteinmodellierung für Docking und Dynamik durchführen

Die Auswahl und Vorbereitung der 3D-Struktur des Zielproteins ist der Schlüssel zu einem erfolgreichen Experiment zum molekularen Docking und/oder zur molekularen Dynamiksimulation.

Ich kann folgende Dienstleistungen anbieten:

1. Wählen Sie Zielprotein(e) durch eine Literaturrecherche aus.
2. Verfeinern Sie die 3D-Struktur (wenn eine PDB-Datei oder PDB-ID bereitgestellt wird)
3. Swiss-Model-Homologiemodellierung aus der FASTA-Sequenz oder der UniProt-ID
4. Modellierer Homologiemodellierung
5. I-TASSER für Ab-initio-Modellierung

## Experimentell abgeleitete 3D-Strukturen sind in verschiedenen Datenbanken verfügbar, wie zum Beispiel

1. RCSB-PDB
2. EBI
3. PDBJ
4. PDBSUM

## Computergestützt abgeleitete Strukturen hoher Qualität finden Sie auch unter

ALPHAFOLD

## Wenn in den oben genannten Quellen keine 3D-Strukturen verfügbar sind, können wir Strukturen mithilfe der Homologiemodellierung von Swissmodel erstellen. Wir benötigen jedoch die Aminosäuresequenz (FASTA) des Zielproteins. Normalerweise rufen wir die Sequenz aus der UniProt-Datenbank ab. In diesem Fall sollten wir die UniProt-ID des Zielproteins haben.