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Ich werde RNA-Seq-Differential-Expression-Analyse in R mit DESeq2 durchführen
Biologische Daten in umsetzbare Erkenntnisse verwandeln
Ich bin ein Spezialist für rechnergestützte Forschung mit einem BSc in Biotechnologie und einer MSc-Ausbildung in Medizinischer Biochemie, mit Erfahrung in Biostatistik, Bioinformatik und Molekulardyn...
Über diesen Service
Ich bin ein bioinformatischer Biologe mit einem MSc in Medizinischer Biochemie und Forschungserfahrung bei A*STAR Singapur. Ich mache RNA-seq-Analysen für Forscher, die die Daten haben und jemanden brauchen, der sie verständlich macht.
WAS DU BEKOMMST
- Differential-Expression-Analyse mit DESeq2, korrekt auf dein Design abgestimmt
- Veröffentlichungsfertige Abbildungen bei 300 dpi, in PNG und PDF
- Eine Ergebnistabelle, die du direkt in eine Supplementary-Datei einfügen kannst
- Das Analyse-Skript, kommentiert, damit du oder dein Labor es erneut ausführen könnt
- Eine schriftliche Interpretation, inklusive was die Daten NICHT unterstützen
WARUM DER LETZTE PUNKT WICHTIG IST
Reviewer fragen, warum du bei einem bestimmten Schwellenwert gefiltert hast, ob du für Batch-Effekte korrigiert hast und warum eine Probe ausgeschlossen wurde. Alles, was ich liefere, ist dokumentiert, damit du diese Fragen beantworten kannst.
SIEHE DAS STANDARDBEISPIEL VOR DEM KAUF
Eine vollständige, von mir durchgeführte Analyse mit Code, Abbildungen und Hinweisen ist öffentlich:
github.com/kND-17/hgsoc-origin-rnaseq
WAS ICH VON DIR BRAUCHE
Deine Counts-Matrix (oder FASTQ-Dateien), ein Metadatenblatt für die Proben und ein Satz von einem Satz, was du herausfinden möchtest. Kontaktiere mich vor der Bestellung, wenn du unsicher bist, welches Paket passt, und ich sage dir ehrlich Bescheid.
Domäne:
Andere
Expertise:
Andere
Programmiersprache:
Python
•
R
•
SQL
Tools:
Jupyter-Notizbuch
•
Excel
Technologie:
Python
•
R
•
Pandas
•
RStudio
Mein Portfolio
FAQ
Automatische Übersetzung
Kannst du mit rohen FASTQ-Dateien arbeiten?
Ja, das ist das Premium-Paket. Basic und Standard setzen voraus, dass du bereits eine Counts-Matrix hast.
Meine Daten sind unveröffentlicht und vertraulich. Ist das ein Problem?
Nein. Ich teile keine Kundendaten oder verwende sie wieder, und ich kann sie auf Wunsch nach Lieferung löschen.
Wirst du als Autor im Paper genannt?
Nur wenn du möchtest. Autorenschaft oder Danksagung liegt ganz bei dir und ist niemals eine Bedingung.
Was, wenn die Analyse nichts Signifikantes findet?
Du erhältst trotzdem die vollständige Analyse, die Abbildungen und eine ehrliche Zusammenfassung dessen, was die Daten zeigen. Ein Null-Ergebnis ist ein Ergebnis, und ich werde keine Schwellenwerte manipulieren, um eines zu erzeugen.
Kannst du Einzelzell-Daten verarbeiten?
Nicht in diesem Gig. Schreib mir und ich sage dir, ob ich helfen kann oder verweise dich an jemanden, der kann.
