Ich werde Chloroplasten-Genom-Assembly und vergleichende Analyse durchführen

Über dieses Gig

Suchst du einen professionellen Bioinformatiker, der deine Pflanzen-Genomdaten verarbeitet? Ich spezialisiere mich auf Chloroplasten-Genom (Plastom) Assembly und umfassende Vergleichende Genomanalyse. Ich liefere ergebnisfertige Ergebnisse mit hochauflösenden Abbildungen, die für SCI-Zeitschriften geeignet sind.

Was ich in diesem Gig anbiete:

1. Genom-Assembly & Annotation

• De novo Assembly: Hochwertige zirkuläre Genom-Assembly aus Illumina-, PacBio- oder Nanopore-Rohdaten mit GetOrganelle oder NOVOPlasty.
• Präzise Annotation: Genprognose (CDS, rRNA, tRNA) mit GeSeq/PGA und manueller Nachbearbeitung für Genauigkeit.

2. Vergleichende Genomanalyse

• IR-Grenzanalysen: Kontraktion und Expansion der Inverted Repeats (Junctions).
• Wiederholungsanalyse: SSRs (Simple Sequence Repeats) und Long Repeats.
• Nukleotiddiversität: Sliding-Window-Analyse zur Identifikation hoch divergenter Regionen (Pi).
• Selektionsdruck: Berechnung der Ka/Ks-Verhältnisse für proteincodierende Gene.

3. Phylogenie & Visualisierung

• Phylogenetische Bäume: Konstruktion von Maximum-Likelihood (ML) oder Bayesian (BI) Bäumen mit IQ-TREE oder MrBayes.
• Pro-Visuals: Hochauflösende Kreisdiagramme (OGDRAW), Synteny-Plots und vergleichende Ausrichtungsvisualisierungen.