Ich werde eine vollständige Populationsgenetik-Analyse aus VCF-Daten bereitstellen

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Ich bin Bioinformatik-Forscher und befinde mich derzeit im PhD-Studium mit Schwerpunkt auf funktionale und Populationsgenomik. Meine Arbeit umfasst genomische Datenanalyse, Skripterstellung und statis...

Über diesen Service

Ich werde eine vollständige Populationsgenetik-Analyse aus VCF-Daten durchführen, mit robusten und reproduzierbaren Methoden, um genetische Vielfalt, Neutralitätsmuster und Populationsstruktur zu charakterisieren.

Standardanalyse umfasst:

Grundlegende VCF-Statistiken und Datenüberprüfungen
Beobachtete und erwartete Heterozygotie (Ho/He)
Inzuchtkoeffizient
Nukleotiddiversität (π; genomeweit)
Tajimas D (festgelegte, nicht überlappende Fenster)

Addon 1: Populationsebene

Ermöglicht Analysen auf Populationsebene mit einer vom Kunden bereitgestellten Zuordnungstabelle. Enthält populationstratifizierte Metriken, PCA (LD-pruned), ADMIXTURE (K=210, 3 Replikate pro K, Kreuzvalidierung) und paarweise F_ST (genomweit).

Addon 2: Sliding Windows

Erweitert die Analyse um genomweite Sliding-Window-Metriken, um lokale Muster und Ausreißerfenster zu erkennen. Enthält π in Sliding Windows (mit Schrittgröße) und Tajimas D in festen Fenstern, mit Diagrammen und tabellarischen Ergebnissen.

Bonus: Wenn beide Add-ons gewählt werden, wird auch paarweises F_ST in Sliding Windows berechnet.

Hinweis: Die VCF muss Sample-Genotypen enthalten. Populationsebene-Analysen benötigen eine Zuordnungstabelle. Die Datasetgröße (Varianten, Proben, Populationen) ist durch das gewählte Paket begrenzt. Ausreißerreferenz