Ich werde amber molekulardynamik-Simulationen mit vollständiger Trajektorienanalyse durchführen

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Abekhan

Pakistan

Ich spreche Englisch

1 Auftrag abgeschlossen

Leidenschaftlich beim Lernen

Über diesen Service

Arbeitest du an einem Protein-Ligand-System und brauchst zuverlässige, gut analysierte molekulardynamische Simulationen für deine Forschung oder Veröffentlichung? Ich biete End-to-End-AMBER-MD-Simulationsdienste vom Systemaufbau bis zu publikationsfertigen Abbildungen, basierend auf derselben Pipeline, die in peer-reviewed Forschungsarbeiten zur computergestützten Wirkstoffentdeckung verwendet wird.

Ich bin ein Forscher im Bereich der computergestützten Biologie mit praktischer Erfahrung in AMBER/AmberTools, cpptraj und Python-basierten Analyse-Workflows. Meine Arbeit hat direkt zu Manuskripten beigetragen, die in peer-reviewed Fachzeitschriften in der computergestützten Pharmakologie eingereicht wurden.

Was ich liefere

Systemeinrichtung

Vorbereitung der Proteinstruktur und Protonierungszustand

Liganden-Parameterisierung mit antechamber

Solvation (TIP3P- oder OPC-Wasserbox), Zugabe von Gegenionen

Kraftfeldzuweisung: ff19SB (Protein), GAFF2 (Kleinstmolekül)

Minimierung, Erhitzung und NPT/NVT-Äquilibrierung

Produktions-MD-Lauf

10, 50 oder 100 ns Produktionstrajektorien (abhängig vom Paket)

Vollständige .mdcrd-Trajektor-Dateien geliefert

Trajektorienanalyse (Standard & Premium)

Vollständige, publikationsfertige Abbildungen