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Ich werde RNA-Seq DGE und transkriptomische Datenanalyse mit R und DESeq2 durchführen
Biochemiker und Systembiologie-Datenanalyst
Ich bin ein biologischer Wissenschaftler und computergestützter Berater mit Fokus auf Transkriptomik, Wirts-Pfadogen-Interaktionen und molekulare Immunologie. Ich schließe die Lücke zwischen riesigen ...
Über diesen Service
Willkommen! Verwandle deine Roh-Sequenzierungsdaten in publikationsfähige biologische Erkenntnisse.
Bist du Forscher oder Biotech-Startup und überwältigt von RNA-Seq-Daten? Das Ausführen des Codes ist nur die halbe Miete; das Verständnis der biologischen Mechanismen hinter den Daten ist entscheidend, um Paper zu veröffentlichen und Produkte zu validieren.
Als Biochemiker mit Schwerpunkt auf Systembiologie und Immunologie biete ich strenge Differential Gene Expression (DGE)-Analysen an. Ich schaue über die rohen Zahlen hinaus, um dir zu helfen, die wichtigsten hoch- und runterregulierten Gene zu identifizieren, die deine biologischen Wege antreiben.
Was dieses Gig bietet (RNA-Seq Pipeline):
Je nach Bedarf kann ich alles von rohen Sequenzierungsreads bis zur finalen Wege-Analyse übernehmen. (Bitte schreibe mir vor der Bestellung, um dein experimentelles Design und die Sample-Anzahl zu besprechen!)
- Basic (Der "Data Wrangler"): Du stellst die rohen FASTQ-Dateien bereit. Ich führe Qualitätskontrolle (FastQC), Trimmen, Alignment (HISAT2/Bowtie2) und Quantifizierung (featureCounts) durch. Lieferung: Eine saubere, strukturierte Raw Count Matrix, bereit für deine eigene Downstream-Analyse.
- Standard (Der "DGE & Visualisierung"): Du stellst die Count Matrix bereit (oder kombinierst sie mit dem Basic-Paket).
Technologie:
Excel
•
MATLAB
•
RStudio
Expertise:
Versuchsplanung
Programmiersprache:
Python
•
R
Mein Portfolio
FAQ
Automatische Übersetzung
Muss ich FASTQ-Dateien oder eine Count Matrix bereitstellen?
Ich kann mit beidem arbeiten! Wenn du rohe FASTQ-Dateien hast, beginne mit dem Basic-Paket, um deine Counts zu erhalten. Wenn du bereits eine Count Matrix hast und nur die DESeq2-Analyse und Plots brauchst, ist das Standard-Paket genau das Richtige für dich.
Wie viele Proben deckt der Gig-Preis ab?
Die angegebenen Paketpreise sind Baselines für kleine bis mittlere Pilotprojekte (bis zu 6 Proben, z.B. 3 Kontroll- vs. 3 Behandelte). Wenn du eine größere Kohorte oder mehrere experimentelle Bedingungen hast, schreib mir für ein individuelles Angebot.
Was meinst du mit "Biologische Interpretation" im Premium-Paket?
Die meisten Freelancer liefern dir nur eine Excel-Tabelle mit 5000 Genen. Mit meinem Hintergrund in Biochemie und Molekularbiologie ordne ich diese Gene biologischen Wegen (KEGG/GO) zu und gebe eine schriftliche Zusammenfassung, die erklärt, welche biologischen Prozesse (z.B. spezifische immunologische Reaktionen oder metabolische Verschiebungen) beteiligt sind.
Welche Informationen benötigen Sie von mir, um zu beginnen?
Ich benötige: 1. Deine Daten (FASTQ-Dateien oder Count Matrix). 2. Deine Metadaten-Datei, die deine Sample-Gruppen klar definiert (z.B. Wildtyp vs. Knockout). 3. Das passende Referenzgenom oder Annotationsdatei (GTF/GFF).
