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Ich werde Docking, virtuelle Screening und MD-Simulationen durchführen
Molekularbiologe, Experte für MD-Simulationen und molekulares Docking
Ich bin Molekularbiologe mit Schwerpunkt auf struktureller Bioinformatik und Computer-gestütztem Wirkstoffdesign (CADD). Ich biete umfassende in silico-Analysetools für Forscher, akademische Studien u...
Über diesen Service
Ich biete in silico Strukturanalyse und computergestütztes molekulares Modellieren mit standardisierten Bioinformatik-Pipelines an.
Zielproteinvorbereitung und Validierung des Bindungstaschen
Pharmakophor-basiertes Virtuelles Screening
Molekulares Docking (Protein-Ligand / Protein-Protein Interaktionen)
Molekulare Dynamik (MD) Simulationen (50ns - 100ns+)
Trajektorienanalyse (RMSD, RMSF, Rg, SASA, Wasserstoffbrücken)
Berechnung der Bindungsfreienergie (MM/PBSA)
Ich stelle alle Rohdaten der Trajektorien, verarbeitete CSV-Dateien und genaue Parameterdateien (.mdp, .conf) bereit, die während der Simulationen verwendet wurden. Alle Analysen erfolgen mit vollständig dokumentierten, reproduzierbaren Pipelines, sodass du die Ergebnisse leicht validieren und für deine Veröffentlichungen replizieren kannst.
Benötigst du einen individuellen Workflow für dein Projekt? Jedes biologische Ziel hat unterschiedliche Anforderungen, also sende mir bitte eine Nachricht mit deinen spezifischen Projektinformationen, bevor du eine Bestellung aufgibst, damit wir die genauen technischen Parameter und Lieferzeiten für deine Forschung besprechen können.
FAQ
Automatische Übersetzung
Welche Informationen muss ich bereitstellen, um das Projekt zu starten?
Du musst den PDB-Code des Zielproteins oder die Kristallstrukturdaten (.pdb) bereitstellen. Für Liganden bitte chemische Strukturen in SMILES-, SDF- oder PDB-Format angeben.
Was, wenn mein Zielprotein keine experimentelle Kristallstruktur hat?
Ich kann Homologiemodellierung (mit Swiss-Model oder ähnlichen Tools) durchführen, um die 3D-Struktur deines Proteins vorherzusagen, bevor ich mit Docking oder MD-Simulationen fortfahre.
Stellst du die Rohtrajektorien-Dateien bereit?
Ja. Da MD-Trajektorien-Dateien (.xtc, .trr) oft sehr groß sind (GBs), stelle ich sie über einen sicheren Cloud-Speicher-Link bereit. Alle Parameterdateien (.mdp) und Topologiedateien (.top, .itp) sind ebenfalls enthalten, um vollständige Reproduzierbarkeit zu gewährleisten.
Kannst du Berechnungen für nicht-standardisierte Residues oder Metallionen durchführen?
Ja. Ich kann nicht-standardisierte Residues und metallhaltige aktive Zentren (Holo-Formen) durch Erzeugung spezifischer Topologien und DFT-basierte Optimierungen via ORCA behandeln, wo nötig.
Sind die Plots und Renderings in publikationsfertiger Qualität?
Ja. Ich liefere hochauflösende (300-600 DPI) PyMOL-Renderings und publikationsreife Plots (über Matplotlib/Seaborn). Alle Visualisierungen sind so formatiert, dass sie den Standards führender wissenschaftlicher Zeitschriften entsprechen.
Kannst du Langzeit-Simulationen über 200ns durchführen?
Ja, ich kann Simulationen im Mikrosekundenbereich durchführen. Da diese jedoch erhebliche Rechenressourcen und Zeit erfordern, kontaktiere mich bitte zuerst für ein individuelles Angebot, damit wir den Zeitplan und die Ressourcenplanung entsprechend abstimmen können.
