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Ich werde Molekulardocking mit AutoDock Vina oder QuickVina GPU durchführen
Bioinformatik-Ingenieur, Molekulardocking und Python-Automatisierung
Bioingenieur und Forscher mit Schwerpunkt auf Molekulardocking, virtuellem Screening und Bioinformatik-Automatisierung. Ich helfe Forschungslabors, langsame manuelle Workflows in schnelle, GPU-beschle...
Über diesen Service
Hallo! Ich bin Bioingenieur und Forscher mit praktischer Erfahrung im Betrieb großer Molekulardocking-Pipelines auf GPU-beschleunigten Linux-Workstations.
WAS DU BEKOMMST:
Professionelles Docking mit AutoDock Vina oder QuickVina-GPU 2.1
Richtige Receptor- & Ligandvorbereitung (PDBQT, Protonierung, Ladungen)
Bindungsaffinitätsbewertungen mit detaillierter Analyse
Top-Bindungsposen gerankt und visualisiert
Saubere Ergebnisse in CSV/Excel + PDF-Bericht
WARUM ICH:
- GPU-beschleunigter Workflow (10-100x schneller als CPU)
- Echtes Forschungserlebnis: 180+ GB ZINC-Datenbank gegen bakterielle Zielmoleküle gescreent
- Automatisierte Pipelines für virtuelle Screening-Prozesse natürlicher Produkte entwickelt
- Maßgeschneiderte Python-Skripte für deinen Workflow
WAS DU MIR SENDEN SOLLTEST:
1. Dein Protein (PDB-ID oder PDB-Datei)
2. Deine Liganden (SMILES, SDF, MOL2 oder Wirkstoffnamen)
3. Informationen zum aktiven Zentrum (oder ich kann es erkennen)
Benötigst du etwas Individuelles oder größere Mengen (über 5000 Liganden)? Schreib mir vor der Bestellung, und ich erstelle ein individuelles Paket.
Ich freue mich auf die Zusammenarbeit!
Programmiersprache:
Python
•
R
•
Colab
•
Andere
Tools:
Jupyter-Notizbuch
•
tensorflow
•
Excel
•
Colab
•
Andere
FAQ
Automatische Übersetzung
Muss ich die Proteinstrukturdatei schicken?
Nicht unbedingt. Wenn du eine PDB-ID angibst, hole ich die Struktur ab und bereite sie vor. Wenn du nur eine Sequenz hast, kann ich ein Homologiemodell oder AlphaFold-Vorhersage erstellen (kleine Zusatzkosten über Gig-Extras).
Welche Docking-Software benutzt du?
Hauptsächlich AutoDock Vina und QuickVina-GPU 2.1 (GPU-beschleunigt). Ich kann auch UniDock oder PLANTS verwenden, falls dein Projekt sie benötigt.
Kannst du größere virtuelle Screening-Kampagnen durchführen?
Ja. Für größere Bibliotheken (500-50.000+ Liganden) schreib mir zuerst, und ich erstelle ein individuelles Paket mit passendem Preis.
Welche Dateien erhalte ich?
Alle Ausgabedateien im PDBQT-Format, Log-Dateien, Scoring-Tabellen (Excel/CSV) und einen PDF-Bericht. Quell-Dateien und Python-Skripte sind in Standard- und Premium-Paketen enthalten.
Wie stellst du die Qualität des Dockings sicher?
Ich überprüfe die Einrichtung durch Redocking bekannter Liganden, wenn Kristallstrukturen vorhanden sind, verwende eine korrekte Gitterbox-Definition und wende Standardvorbereitungsprotokolle an (Gasteiger-Ladungen, polare Wasserstoffe, flexible Torsionen).
