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Ich werde Bioinformatik RNA-Seq und Variantenanalyse durchführen
Bioinformatik- und Datenanalyse-Spezialist, Python, BLAST, ML
Ich bin Bioinformatik-Student an der NUST Islamabad mit praktischer Erfahrung in Sequenzanalyse, Proteinstrukturen, Phylogenetik und Python-basierter Datenverarbeitung. Ich unterstütze Forscher, Stude...
Über diesen Service
Hast du Sequenzierungsdaten und keine Zeit, die Pipeline selbst aufzubauen? Ich nehme deine Rohdaten und verwandle sie in saubere, interpretierbare Ergebnisse, die dein PI oder deine Kollaborateure tatsächlich nutzen können.
Ich bin Bioinformatik-Student an der NUST Islamabad mit praktischer Erfahrung in Long-Read-Sequenzierungspipelines (PacBio HiFi), Variantenbestimmung mit GATK und Clair3, Benchmarking gegen GIAB-Truth-Sets und genomischer Datenanalyse mit Python und Bash. Ich habe in einem Krebsgenomforschungs-Labor gearbeitet und weiß, wie qualitativ hochwertige Veröffentlichungs-Outputs aussehen.
Was ich für dich tun kann:
Variant Calling bei WGS mit minimap2/BWA, Variantenfindung mit GATK HaplotypeCaller oder Clair3, VCF-Filterung und Annotation, Benchmarking mit hap.py
RNA-seq Differentialexpression mit DESeq2 oder edgeR, Volcano-Diagramme, Heatmaps, Pfad-Analyse
Metagenomik / 16S Amplicon QIIME2 Pipeline, Alpha/Beta-Diversität, PCoA-Diagramme, taxonomische Balkendiagramme
Genomische Visualisierung mit IGV-Screenshots, Coverage-Plots, publikationsreife Abbildungen bei 300 DPI
Was du mir schickst: FASTQ, BAM, VCF, Zählmatrizen oder eine GEO / SRA-Accession-Nummer. Ich bearbeite Illumina-, PacBio- und Nanopore-Daten.
Was du zurückbekommst: Saubere Ausgabedateien, Reproduzierbarkeit
Domäne:
Andere
Expertise:
Klassifizierung
•
Clustering
•
Prädiktive Analyse
•
Andere
Programmiersprache:
Python
•
R
•
SQL
•
Colab
•
Java
Tools:
Jupyter-Notizbuch
•
Andere
Technologie:
Python
•
R
•
Jupyter-Notizbuch
•
Pandas
•
RStudio
FAQ
Automatische Übersetzung
Ich bin mir nicht sicher, welche Analyse ich brauche. Kannst du mir dabei helfen?
A: Absolut — schick mir einfach eine Nachricht mit deinem Datentyp (FASTQ, BAM, Zählmatrix usw.) und deiner Forschungsfrage. Ich sage dir genau, welches Paket passt und wie das Ergebnis aussehen wird, bevor du bestellst.
Welche Dateien muss ich dir schicken?
A: FASTQ, BAM, VCF oder Zählmatrizen funktionieren direkt. Wenn deine Daten bei NCBI GEO oder SRA sind, schick mir einfach die Zugangsnummer — ich lade sie selbst herunter. Für große Dateien können wir Google Drive oder einen geteilten Link verwenden.
Arbeitest du mit Illumina-, PacBio- und Nanopore-Daten?
A: Ja, bei allen drei. Ich habe praktische Erfahrung mit PacBio HiFi Long-Read-Daten im Speziellen sowie mit Standard-Short-Read-Illumina-Pipelines für RNA-seq und WGS.
Werde ich deine Ergebnisse reproduzieren können?
A: Ja. Jede Bestellung enthält vollständig dokumentierte Bash/Python-Skripte mit Kommentaren, sodass du oder dein Labor die Analyse jederzeit erneut ausführen können.
Kann ich deine Abbildungen in meinem Paper oder meiner Thesis verwenden?
A: Ja — alle Abbildungen werden bei 300 DPI im PNG- oder PDF-Format geliefert, publikationsreif für jede Zeitschrift.
Wie sende ich dir vertrauliche oder unveröffentlichte Daten?
Ich behandle alle Kundendaten streng vertraulich und teile oder speichere sie nach der Lieferung nicht. Wenn du eine NDA unterschreiben lassen möchtest, schick mir vor der Bestellung eine Nachricht.
