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Ich werde Shotgun-Metagenomdaten analysieren
Biologe Statistik und Bioinformatik
Ich bin Biologe und Forscher mit Schwerpunkt auf statistischer Analyse, Bioinformatik, Mikrobiologie und mikrobieller Ökologie. Ich arbeite mit R, DADA2, QIIME2, Phyloseq und QGIS, um biologische und ...
Über diesen Service
Braucht du Hilfe bei der Analyse von Shotgun-Metagenomdaten? Ich kann dir beim Verarbeiten, Assemblieren, Analysieren, Visualisieren und Interpretieren deiner Metagenom-Datensätze helfen.
Ich habe praktische Erfahrung in der Analyse von Shotgun-Metagenomen mit bewährten bioinformatischen Workflows, darunter MEGAHIT, metaSPAdes, SqueezeMeta und R.
Ich kann bei folgenden Schritten helfen:
Qualitätskontrolle und Vorverarbeitung
Metagenom-Assembly
Taxonomische Profilierung und Gemeinschaftszusammensetzung
Funktionale Profilierung und Annotation
Abundanz- und Vergleichsanalyse
Statistische Analyse und differentielle Abundanz
Visualisierungen in Publikationsqualität
Biologische Interpretation
Reproduzierbare Analyse-Workflows
Ich wähle den Workflow entsprechend deiner Forschungsfrage, Sequenzierungsdaten, experimentellem Design und Metadaten aus.
Bitte kontaktiere mich vor der Bestellung, wenn du unsicher bist, welches Paket oder welcher Workflow für deinen Datensatz geeignet ist.
FAQ
Automatische Übersetzung
Welche Arten von Metagenomdaten kannst du analysieren?
Ich kann mit Shotgun-Metagenom-Datensätzen für taxonomische, funktionale, Abundanz-, Statistik- und Vergleichsanalysen arbeiten. Bitte kontaktiere mich vor der Bestellung, damit ich deinen Datensatz und deine Ziele prüfen kann.
Kannst du rohe FASTQ-Dateien analysieren?
Ja. Je nach Paket kann ich mit rohen FASTQ-Dateien arbeiten und Qualitätsbewertung, Vorverarbeitung, Assembly und nachgelagerte metagenomische Analysen durchführen.
Kannst du mein Metagenom assemblieren?
Ja. Ich kann die Metagenom-Assembly mit MEGAHIT oder metaSPAdes durchführen, abhängig von den Eigenschaften des Datensatzes und den Zielen der Analyse.
Verwendest du SqueezeMeta?
Ja. SqueezeMeta ist einer der Workflows, die ich für integrierte metagenomische Analysen nutze. Ich kann auch MEGAHIT oder metaSPAdes für die Assembly und ergänzende Tools verwenden, wenn es passend ist.
Kannst du funktionale Profilierung oder Annotationen durchführen?
Ja. Funktionale Profilierung und Annotationen können je nach Datensatz, Forschungsfrage und gewähltem Paket enthalten sein. Der spezifische Workflow und die Tools werden entsprechend den Projektanforderungen festgelegt.
Kannst du differenzielle Häufigkeiten analysieren?
Ja, wenn das experimentelle Design, die Metadaten, die Stichprobengröße und die Datenstruktur eine geeignete differentiale Abundanzanalyse unterstützen.
Kannst du Figuren in Publikationsqualität erstellen?
Ja. Je nach Paket kann ich Visualisierungen in Publikationsqualität für taxonomische Zusammensetzung, Abundanz, funktionale Profile, statistische Vergleiche und andere geeignete metagenomische Ergebnisse erstellen.
Kannst du mir bei der Auswahl des passenden metagenomischen Workflows helfen?
Ja. Ich kann deine Forschungsfrage, Sequenzierungsinformationen, Metadaten, Studiendesign und verfügbare Daten prüfen und einen passenden Analyse-Workflow empfehlen.
